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様々な対象や現象を要素間の関係性の視点から構造を捉え、それらの持つ特性、関係性の複雑さや表現について研究している。知識と生物を主な対象とする。より具体的には、知識の構造の解析と表現方法や、利用者に適応させる情報提示、遺伝子や蛋白質等の生体分子の複雑な相互作用の解析・予測および高速シミュレーション手法、生物知識を表現し解析に利用する方法についての研究を行っている。
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